居住用財産の譲渡に係る3,000万円控除から住宅ローン特別控除への特例選択の変更の可否適用を受けることの可否

【回答】

１．結論

乙さんは2019年分の所得税につき適法に3,000万円控除の適用を受け、確定申告書に記載の税額に不足がないことから、修正申告書の提出ができず、その適用を撤回することができません。よって乙さんは、2020年以後の年分につき住宅ローン特別控除の適用を受けることができません。

２．解説

(1)3,000万円控除の概要

個人が自己の自宅とその敷地（居住用財産）を譲渡した場合には、一定の要件を満たすことにより譲渡所得の金額の計算上、最高3,000万円を控除することができます。（措法35条1項、2項）。

(2)住宅ローン特別控除の概要

①概要

個人が2021年12月31日までに国内で住宅の用に供する家屋で床面積が50㎡以上等の要件を満たすものの新築等をし、その家屋をその個人の居住の用に供した場合において、その個人がその家屋の新築等に係る借入金（住宅借入金）の額を有するときは、一定の要件を満たすことにより、その居住の用に供した日の属する年以後10年間（原則）の各年分のその個人の所得税額から、住宅借入金の年末残高に基づく一定額が控除されます（措法41条）。

②居住用財産譲渡に係る特例の適用を受けた場合の住宅ローン特別控除の不適用

個人が、新築等をした家屋を居住の用に供した日の属する年の前年又は前々年分の所得税につき、3,000万円控除等の居住用財産の譲渡に係る特例の適用を受けている場合、その個人の①に規定する10年間（原則）の各年分の所得税については、住宅ローン特別控除の適用を受けることができません（同20項）。

(3)修正申告

納税申告書を提出した者は、先の納税申告書の提出により納付すべきものとしてこれに記載した税額に不足額がある場合は、その申告につき更正があるまでは、その申告に係る課税標準等又は税額等を修正する納税申告書を税務署長に提出できます（国税通則法19条1項1号）。

(4)本問へのあてはめ

乙さんは2019年分の所得税について3,000万円控除の適用を受けていることから、（2）②より、2020年分以降の所得税につき住宅ローン特別控除の適用を受けることができません。
乙さんが住宅ローン特別控除の適用を受けるため、2019年分の所得税について修正申告書の提出により3,000万円控除の適用を撤回できるかどうかについては、乙さんがいったん3,000万円控除の適用を受けることを選択して2019年分の確定申告書を提出した以上、その適用を撤回することはできません（参考：国税庁HP質疑応答事例「居住用財産の譲渡所得の特別控除の特例の適用の撤回の可否」）。また撤回できない以上、2019年分の確定申告書に記載された税額に不足がないため、乙さんは上記（3）の事由による修正申告書を提出することもできません。
以上により、乙さんは2020年分以後の年分の所得税について、住宅ローン特別控除の適用を受けることができません。