12月13日、2008年度与党税制改正大綱によると、医療関係で焦点になっていた「社会医療法人」について「医療保健業」（附帯業務以外）に伴う所得への法人税を非課税にするなど優遇措置の導入を盛り込んだ。また、それ以外の収益業務などによる所得に対しては、法人税率を通常の30％から22％に引き下げることとなった。

厚労省は、昨年の医療法人制度改革に伴って新たにスタートした「社会医療法人」の税制面について、具体的には医療保健業に伴う所得に対する法人税（通常は30％）を社会医療法人に対しては非課税扱いにすることなどを昨年の税制改正でも重点要望していた。優遇税制が担保できなければ、医療法人改正についても「単なる規制強化に過ぎない」といった見方もされていたが昨年改正においては、これらの税制上の問題を「長期検討課題」として結論を先送りされていた。そのため厚労省は今夏、08年度の税制改正で社会医療法人への優遇税制を適用するよう改めて要望し、今回、法人税の非課税扱いのほか、収益業務などによる所得には軽減税率（22％）を適用することとなった。