07年より医療法改正で導入される社会医療法人について、今回の税制改正大綱では法人税の減免措置が見送られた。社会医療法人は出資持分のない公共性の高い一定の要件を備えた医療法人として、収益事業、社会法人医療債の発行による資金調達を認めるものとされているが、法人税率の軽減がないことで当該法人への移行にも影響がでるものと予想される。
また、医療法人の減価償却については、08年度末までに療養病床を介護老人保健施設などに増改築した場合に、施設の基準取得価額に１５％相当額の特別償却を認める。救急医療用機器に対する特別償却率の上乗せ措置は廃止、特定医療用建物の割増償却にかかる措置を除外することを盛り込んだ。
　一方、消費税の問題については、従来より日本医師会、病院団体が改正要望として取り上げている「損税問題」（医療に対して消費税が非課税になることで発生する医療材料など仕入税額控除ができない）が今後消費税の引き上げ議論にともない動向が注目される。