厚生労働省がまとめた種類別・都道府県別医療法人数(2006年３月末時点)によると、前年より1690法人増加して４万1720法人となった。うち持ち分ありの社団が４万914法人（05年同期比1657法人増）を占め、持ち分なしの社団は410法人（29法人増）、財団は４法人増えて396法人となった。１人医師医療法人は３万4602法人（1545法人増）。 一方、特定医療法人と特別医療法人はそれぞれ05年同期と比べて21法人、14法人増えて、395法人、61法人となった。
都道府県別では、東京が4128法人、大阪3106法人、神奈川2365法人、北海道2209法人、福岡2199法人の順で、上位５都道府県の順位は前年と変化なし。一方、法人数が少ないのは、山梨191法人、富山230法人、岩手276法人、福井277法人となっている。
04年に制度化された出資額限度法人は125法人（05年同期92法人）で前年比+33。最多は北海道の20法人で、次いで東京の10法人、広島・群馬の８法人で、18県はゼロ（なし）であった。